Der Franziskanerpater Johannes von Capistran gründete während seiner zweiten Missionsreise nach Wien im Jahr 1454 das Kloster Enzersdorf. Bereits 1472 war der Bau der Kirche und des Klosters vollendet, die Kirche wurde der hl. Maria Magdalena geweiht. Verschiedene Wohltäter machten Stiftungen zugunsten der Franziskaner, deren Tätigkeit vom Volk sehr geschätzt wurde.
1529 zerstörten die Türken durch Feuer Kirche und Kloster, wobei zwei Franziskanerpatres den Tod fanden. Doch bald nach vollendetem Wiederaufbau wurde das Kloster 1533 aus Mangel an Ordensleuten aufgehoben und erst 1632 auf kaiserlichen Befehl dem Franziskanerorden wieder zurückgegeben.
Bei der Pestepidemie von 1697/1698 leisteten zwei Franziskanerpatres im Seuchenspital in Brunn Seelsorgedienst und fanden dabei den Tod.
1683 fielen zum zweiten Mal die Türken über Enzersdorf her, wobei wieder Kirche und Kloster zerstört wurden und Frater Guttbertus Lenz umkam.
Beim Wiederaufbau 1727 – 1729 wurde die Kirche erweitert und neu eingerichtet.
1730 wurde Enzersdorf mit der Aufstellung einer wundertätigen Gnadenstatue in der Kirche ein eigener Wallfahrtsort. Diese Statue, eine Kopie der Mariazeller Gnadenmutter, hatte der Weltpriester Franz Heinrich van Ghelen 1723 in Mariazell erworben und sie an der Mariazeller Madonnenfigur berührt, wobei auch die wundertätigen Kräfte auf die Kopie übertragen wurden. Bald fanden die Familienangehörigen und Hausgenossen vor der Statue Erhörung ihrer Bitten. 1729 nahm Franz Heinrich van Ghelen wieder mit seiner Statue an einer Pilgerreise nach Mariazell teil. Damals waren in der Kirche von Enzersdorf umfangreiche Bauarbeiten im Gang.
Der damalige Guardian P. Placidus Herzog bat Ghelen, die Statue für die Dauer der Wallfahrt in Enzersdorf zu lassen und auf einem behelfsmäßigen Hochaltar aufzustellen.
Laut Bericht P. Placidus Herzogs ereignete sich am zweiten Tag nach der Aufstellung der Statue ein Wunder. Der todkranke Sohn des Enzersdorfer Schulmeisters wurde nach den Bitten seiner Mutter vor der Gnadenmutter plötzlich gesund.
1734 fand die Weihe des neuen Hochaltars mit der wundertätigen Statue, die Ghelen 1730 dem Franziskanerkloster geschenkt hatte, durch den Wiener Erzbischof Kardinal Sigismund Kollonitsch statt. Bald erfreute sich die Wallfahrt zu „Maria, Heil der Kranken“ nach Enzersdorf größter Beliebtheit.
Auch Mitglieder des Kaiserhauses, Maria Theresia und ihre Familie, kamen öfters hierher. Die Klosterchronik berichtet von Wallfahrtsprozessionen mit mehreren tausend Pilgern. Durch die Reformen und Dekrete Kaiser Josephs II. kamen die Wallfahrten fast ganz zum Stillstand, doch Enzersdorf wurde 1784 eine eigene Pfarre und gewann dadurch an Bedeutung.
Erst im 19. Jahrhundert wurde das Wallfahrtswesen wieder belebt, und aus Enzersdorf wurde Maria Enzersdorf. Die Kirche konnte dem Andrang der Wallfahrer nicht standhalten, sie erwies sich als zu klein. Dank den unermüdlichen Bemühungen des Guardians P. Cäcilian Kammers wurde 1907 – 1909 die Kirche umgebaut und erweitert. So konnte sie ihren Aufgaben als Pfarr- und Wallfahrtskirche nachkommen.
Im 1. und 2. Weltkrieg wurden Kirche und Kloster vor Zerstörung verschont.
Zu Beginn der Sechzigerjahre des 20. Jahrhunderts war ein Knabenseminar geplant. Das führte zum Abriss eines großen Teils des Klosters und zum Neubau. Das neue Kloster bietet auch der Zentralbibliothek mit ca. 130.000 Bänden Platz.
1997 – 2008 erfolgte eine Generalsanierung und Renovierung von Kirche und Kloster.